共青团潍坊市委机关设置7个职能部室。
(一)组织部
组织指导全市共青团的基层组织、团干部队伍、团员队伍建设和推荐优秀团干部作为党的后备干部、推荐优秀团员入党、推荐优秀青年人才竞争上岗工作；协助党组织管理各市、区、市直团组织领导班子，办理审批手续；负责委机关和直属单位的干部人事管理；指导全市青少年培训阵地建设。
（二）宣传部
组织指导全市团员青年的思想理论教育工作和团组织的文化活动，培养、宣传优秀青少年典型；组织指导全市共青团和青少年工作的宣传报道；会同有关部门编写教育青少年的政治时事政策教材；指导全市青少年活动阵地和宣传阵地建设。
（三）工农部
指导全市企事业单位团组织和青工开展生产突击、岗位培训、岗位竞赛、农村青年学习科技、文化知识、科技开发、思想教育和文化活动；指导区街团的工作农村、团组织培养农村实用技术人才和科技星火带头人；组织乡镇企业青工开展培训、科技攻关、劳动竞赛等活动；负责市大中型企业团的工作联谊会和青年企业家协会的日常工作。
（四）学少部
组织指导全市大、中专院校团的思想建设、文化建设、社会实践和科技活动 等工作；指导全市大、中专院校的共青团工作；负责市学联秘书处工作；指导全市少先队工作，组织开展有利于少年儿童健康成才的活动，负责少先队辅导员队伍建设；指导开展少先队理论研究工作。
（五）权益部
承担市未成年人保护委员会办公室日常工作；协调社会各界维护青少年合法权益，组织开展青少年法律、法规宣传教育活动；配合有关部门做好失踪失足青少年的帮教工作；承担市希望工程办公室日常工作。
（六）统战部
指导基层团组织开展青年统战工作，组织开展全市各族、各界青年爱国统一的团结教育工作；承办青少年外事工作，组织开展同国外、境外青少年组织的交流活动；负责市青联秘书处工作，指导市青联及青联社团开展各项社会活动。
（七）办公室
协调委机关各部门的工作，负责团市委重大活动和重要会议的安排组织；督办团市委决议、决定、工作部署的贯彻落实，承办机关的文秘、信访、保密、档案、行政、后勤管理和接待工作，负责团属企事业单位的指导管理工作。
